Analisa Dengan Hyperchem

Program HyperChem, merupakan program kimia aplikasi 32 bit, yang dikembangkan oleh HyperCube Inc untuk system operasi Windows 95/98 dan Windows NT. HyperChem merupakan program yang handal dari pemodelan molekul yang telah diakui mudah digunakan, fleksibel dan berkualitas. Dengan menggunakan visualisasi dan animasi tiga dimensi hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika dan dinamika molekular, menjadikan HyperChem terasa sangat mudah digunakan dibandingkan dengan program kimia kuantum yang lain.

            Program Kimia menyediakan fasilitas pembuatan model tiga dimensi (3D), perhitungan mekanika molekular dan mekanika kuantum (semiempiris dan ab initio). Disamping itu tersedia pula database dan program simulasi Monte Carlo dan molecular dynamics (MD).

Fasilitas yang disediakan oleh program standar ini adalah:

·         Input Struktur dan Manipulasi (Structure Input and Mani-pulation)

·         Display Molekul (Molecular Display)

·         Kimia Komputasi (Computational Chemistry)

·         Metode Komputasi (Computational Methods)

HASIL PERHITUNGAN DENGAN HYPERCHEM

Prediksi:

            HyperChem dapat digunakan untuk menentukan bebe-rapa sifat struktur antara lain :

·   Stabilitas relatif dari beberapa isomer ·   Panas pembentukan ·   Energi aktivasi ·   Muatan atom ·   Beda energi HOMO-LUMO ·   Potensial Ionisasi ·   Afinitas elektron ·   Momen dipol ·   Tingkat energi elektronik ·   Energi korelasi elektron MP2

·   Energi keadaan tereksitasi CI ·   Sifat dan struktur keadaan transisi ·   Energi interaksi non-bonded ·   Spektra serapan UV-VIS ·   Spektra Absorpsi IR ·   Pengaruh isotop pada vibrasi ·   Spektra serapan IR ·   Efek Collision pada sifat struktur ·   Stabilitas dari kluster

Simulasi

• Interaksi Docking
• Pengaruh temperatur pada gerakan molekul
• Pengaruh pelarut pda struktur dan dinamika
• Interaksi intermolekular pada kluster

Sumber: Kasmui

MarvinSketch

• Download MarvinSketch (Platform: Windows, Linux, MacOS)
Banyak hal yang bisa dimanfaatkan dari MarvinSketch untuk pengajaran kimia. Gambar dan animasi molekul dapat dibuat dengan mudah. Selanjutnya dapat disisipkan dalam media pembelajaran kimia. MarvinSketch adalah software kimia hanya untuk visualisasi rumus struktur kimia yang gratis, bisa dijalankan di sistem operasi Windows dan Linux juga MacOS. Mau mencicipinya silahkan unduh dari web ChemAxon ini.
Sumber: Urip

Kalzium

• Download Kalzium (Platform: Linux)
Kalzium adalah nama sebuah software (open source software - OSS) yang memanfaatkan tabel periodik untuk mengeksplorasi setiap unsur. Tapi ternyata tidak sekedar tabel periodik biasa, lebih dari sekedar tabel periodik. Kalzium berasal dari bahasa Jerman dari kata kalsium. Saat ini Kalzium sampai di versi Hidrogen. Untuk diketahui semenjak Kalzium menjadi aplikasi standalone ia versinya akan dinamai dengan urutan nama unsur dalam tabel periodik.Materi-materi pelajaran kimia, baik di kelas 10, kelas 11 IPA, maupun kelas 12 IPA bab-bab tertentu sangatlah tepat memanfaatkan kehebatan Kalzium. Tentu ini hanya merupakan alternatif dalam penggunaan media pembelajaran. Sampai saat ini Kalzium belum mendukung untuk sitem operasi Windows. Hanya bisa berjalan untuk sistem operasi Linux. Oleh karena itu di sarankan pengguna yang ingin mencobanya sebaiknya meningstall sistem operasi Linux, gratis dan halal. Silahkan pilih distro yang disukai.
Sumber: Urip

Symyx Chime dan Symyx Draw

• Download Symyx Chime dan Symyx Draw (Platform: Windows dan MacOSX, Linux belum tersedia)


Sumber http://blog.goo.ne.jp/
Kedua aplikasi ini gratis (no fee) siapapun boleh mengunduhnya dan memakainya secara cuma-cuma. Sebelum mengunduhnya diharuskan melakukan registrasi dengan mengisikan beberapa data yang empunya situs perlukan. Sayang untuk platform linux belum tersedia jadi mesti menggunakan Wine agar bisa menjalankannya di linux. Kedua software ini saling melengkapi sehingga kita bisa memanfaatkannya dalam program pengajaran di kelas untuk mata pelajaran kimia.
Symyx Chime versi 2.6 SP8 berformat zip berukuran 3,9 MB. Chime merupakan plug-in yang secara interaktif menampilkan molekul 2D (dua dimensi) dan 3D (tiga dimensi) langsung di halaman Web. Kita juga dapat memutar, memformat, dan menyimpan molekul untuk digunakan dalam program lain.
Symyx Draw versi 3.3 berukuran cukup besar dalam format zip (66 MB). Dengan aplikasi ini kita bisa menyisipkan model molekul yang kita buat ke dalam halaman situs, dokumen, spreadsheet maupun presentasi.

Sumber: Kompas

Molegro Molecular Viewer

• Download Molegro Molecular Viewer (Platform: Windows, Linux, dan Mac OS X)


Sumber http://ahsystemsgroup.com
Aplikasi gratis dengan multiplatform yang digunakan untuk visualisasi molekul dalam format PDB, SDF, Mol2, dan MVDML. Fiturnya meliputi pembuatan molekul secara otomatis, visualisasi permukaan molekul dan backbone.

Ukuran file untuk windows sebesar 5,52 MB

Ukuran file untuk windows sebesar 9,41 MB

Untuk MacOSX saya belum coba, menungggu untuk punya MacOSX dahulu, bagi yang mau menyumbangkan Mac-nya untuk saya, dengan senang hati saya menerimanya :) .

Untuk file-file dengan ekstensi pdb, bisa dibuat sendiri dengan aplikasi di atas atau men-download-nya dari elchem.kaist.ac.kr. Model molekul yang tersedia di situs ini adalah molekul-molekul organik dari yang paling sederhana hingga yang cukup kompleks.

Sumber: Kompas

ACD/ChemSketch Freeware

• Download ACD/ChemSketch Freeware (Platform : Windows, Linux)
Chemsketch adalah software grafis untuk menggambar hal yang ada hubungannya dengan kimia . Bisa menggambar secara manual atau menggunakan templet yang disediakan. Klik dan gambar molekul, ion, stereobonds, teks, poligon, panah, serta perlengkapan laboratorium, dll termasuk menentukan secara otomatis massa suatu atom atau molekul. Kita juga dapat memperkirakan densitas, indeks bias, volume molar, dll.  Selain itu dari ACDLabs juga menawarkan beberapa download gratis untuk utilitas yang dapat dipergunakan dalam ChemSketch sehingga lebih powerfull.
Untuk dapat mendownload software ini diperlukan registrasi (sebentar hanya memasukan beberapa data alamat email dan lain-lain). Setelelah download lakukan instalasi sebagaimana biasa dan siap untuk digunakan.

Sumber: Kompas

Jmol

• Download JMol (Platform : Windows, Linux, Mac)
Jmol ini gartis, merupakan penampil strukutur molekul tiga dimensi (molecule viewer) yang dapat digukan secara bebas oleh siapapun yang menekuni bidang kimia dan biokimia. Aplikasi ini merupakan cross-platform, berjalan di sistem operasi Windows, Mac OS X, dan Linux / Unix. Fitur yang dimilikinya di antaranya membaca berbagai jenis file dan output dari program kimia kuantum, dan animasifile multi-frame. JmolApplet adalah applet web browser yang dapat diintegrasikan ke dalam halaman situs. Aplikasi Jmol adalah aplikasi Java standalone yang berjalan di desktop. JmolViewer merupakan seperangkat alat yang dapat diintegrasikan ke dalam aplikasi Java lainnya.
Untuk menggunakannya silahkan download dan ekstrak file downlad-annya. Klik file Jmol.jar (di PC mestinya tersedia Javaruntime terlebih dahulu). Buka file yang support untuk dibuka dengan Jmol.


Sumber: Kompas

Software

Software merupakan komponen non fisik berupa kumpulan program beserta struktur datanya.Program adalah Sekumpulan instruksi yang disusun sedemikian rupa untuk dapat menyelesaikan masalah- masalah tertentu sesuai dengan kebutuhan.

Untuk memproses instruksi dilakukan melalui tahap :

• mengambil instruksi (instruction fetch)
• eksekusi instruksi (instruction execution)
• interrupt
• trap

Sumber: Prayoga dkk

(+) (-) Linux

Keuntungan menggunakan Linux


1. Lebih aman
Linux memisahkan hak akses file dan direktori bagi user biasa dan super user atau root. Seorang user biasa hanya di beri akses di sebuah folder direktori tertentu untuk menyimpan data, yaitu di folder /home/nama. Oleh karena itu, keamanan file-file system dan file-file lain di jaga dari kemungkinan terhapus oleh user biasa. Di samping itu setting system juga membutuhkan password dari Super User.
2. Lebih tahan virus
Karena pemisahan akses file tsb, kurang memungkinkan suatu virus menerobos file system. Di samping itu Linux tidak memiliki Registry yang di kenal merupakan tempat persembunyian virus. Di Linux juga tidak terdapat file exe yang dapat di jangkiti virus dan dapat menyebarkan virus.
3. Gratis dan dapat di sebarluaskan
Linux memiliki lisensi GNU, yaitu sebuah lisensi yang memperbolehkan seseorang untuk menyebarluaskan, memodifikasi dan menggunakan Linux secara gratis.
4. Kompatibel dengan Hardware lama
Linux dapat di install di Hardware lama dan tentu nya tidak menerapkan GUI dalam hal ini. Hardware lama tsb dapat di gunakan untuk server yang tidak membutuhkan GUI. Dalam hal ini, Linux mensyaratkan spesifikasi hardware yang rendah.


Kerugian Menggunakan Linux
1. Sedikit penggunanya
Hal ini mengakibatkan lebih sedikit juga orang-orang yang dapat di jadikan ajang bertanya sesama pengguna Linux.
2. Support dari perusahaan tidak ada
Terutama untuk Linux yang free, maka support mengandalkan manual dan komunitas. Tidak ada garansi terhadap error dan akibat dari error.

Sumber: Akhmad Sofwan

Membuat Ubuntu Live USB

Mungkin beberapa dari antara Anda yang belum mengenal Linux akan bertanya-tanya apa itu Live USB. 

Live USB adalah USB Flash Disk yang berisi sistem operasi Linux. 

Dengan Live USB ini, Anda bisa menggunakan sistem operasi Linux di dalamnya di komputer manapun bahkan tanpa harus menginstal sistem operasi Linux di komputer tersebut. Hebat bukan, makanya jangan ragu-ragu migrasi ke Linux.

Berikut ini langkah-langkah untuk membuat Live USB melalui Ubuntu 10.04:

Langkah 1. Masuk melalui System >> Administration >> Startup Disk Creator

Langkah 2. Kemudian muncul jendela dialog seperti di bawah

Screenshot02

Anda bisa memilih source disc image yang berupa file iso atau menggunakan CD. Juga pilih USB Flash Disk yang akan Anda gunakan. Di bagian bawah ada pilihan berapa besar kapasitas USB Flash Disk yang akan Anda gunakan untuk menyimpan file saat bekerja dengan Live USB.

Setelah beres semuanya, tinggal klik Make Startup Disk. Tunggu proses selesai, dan sekarang Anda sudah punya Ubuntu Live USB.

Sumber: Martianus

Linux Live USB

Linux Live USB adalah USB Driver/Flashdisk yang berisikan sistem operasi GNU/Linux yang bisa diboot. 

Live usb sama dengan Live CD, yang berbeda hanyalah dari segi media. 

Live Usb  menggunakan Flashdisk sebagai medianya dan Live CD menggunakan CD sebagai medianya.

Live USB biasanya digunakan untuk beberapa keperluan berikut :

• Sebagai embeded system untuk sistem administrasi. (Embedded system artinya sistem komputer yang dirancang khusus untuk tujuan tertentu demi meningkatkan fungsi suatu mesin)
• Untuk digunakan untuk recovery data (Backup data) dari system yang crash atau dari hardisk yang sudah memiliki banyak bad sector tapi masih bisa dibaca.
• Untuk pengujian/testing sebuah sistem operasi dimana sistem operasi tersebut bisa dijalankan tanpa harus diinstall permanen pada hardisk
• Untuk keperluan belajar. Biasanya digunakan oleh user yang baru mulai ingin belajar GNU/Linux dan ingin migrasi ke GNU/Linux

Di Ubuntu sendiri, sudah ada aplikasi bawaan ubuntu untuk membuat live Usb, nama aplikasinya adalah “Startup Disk Creator”. 

Jika masih belum puas dengan aplikasi tersebut (dalam beberapa kasus tertentu, biasanya ada error) maka ada beberapa aplikasi alternatif yang bisa digunakan antara lain Unetbootin dan LiveUsb Install. 

Startup Disk Creator

• Aplikasi ini adalah bawaan Ubuntu (sudah terinstall sebagai aplikasi default di System Ubuntu)
• Untuk menggunakannya bisa di buka melalui menu “System > Administration > Startup Disk Creator”

Unetbootin

• Unetbootin adalah aplikasi open source untuk membuat Live USB yang bersifat cross-platform (berjalan di beberapa sistem operasi)
• Source Instalasi bisa dipilih dari internet (Download) atau dari Diskimage (ISO, Floppy)
• Di Ubuntu, aplikasi ini bisa di install dari repositori ubuntu dengan perintah “root@ub-serv:~# apt-get install unetbootin“
• Aplikasinya bisa ditemukan di menu “Applications > System Tools > Unetbootin” atau melalui terminal dengan mengetik “ahmad@ub-serv:~$ sudo unetbootin“

LiveUSB Install

• LiveUSB Install adalah Aplikasi untuk membuat live usb yang juga cross platform seperti Unetbootin. Support hingga ratusan distro GNU/Linux. Situsnya beralamat di http://live.learnfree.eu/
• Untuk menginstall LiveUSB Install di Ubuntu bisa dilakukan dengan mendownload paket instalasi dari http://live.learnfree.eu/download (format file *.deb). Instalasinya bisa melalui terminal dengan perintah “root@ub-serv:/home/ahmad/Downloads# dpkg -i live-usb-install-2.2.9-all.deb“
• Aplikasi ini bisa ditemukan pada Menu ” Applications > System Tools > LiveUSB Install” atau mengetikkan pada terminal “ahmad@ub-serv:~$ sudo live-usb-install“
• 

Sumber: Ahmad

Chem Pup

ChemPup adalah sistem software yang unik dibangun dari Puppy Linux dengan banyak program kimia. Saat ini tersedia ChemPup 1.0,1-1.0.1

Beberapa program kimia yang disediakan dalam ChemPup antara lain:

• GElemental: sistem periodik unsur dengan informasi dari tiap unsurnya.
• Nomen: tata nama senyawa
• JChemPaint: struktur 2D
• JMol: struktur 3D
• Avogadro: struktur 3D dilengkapi dengan medan gaya dan simulasi dinamika molekul.
• OpenBabel: converter
• SciFinder Scholar: jurnal ilmiah (harus menambahkan file site.prf dari administrator sekolah).
• ChemTool and GNotebook: spreadsheet template dengan persamaan kimia.

Mmm, mulai tertarik degan chem pup???

Ok, kamu bisa mendapatkan chempup dengan registrasi terlebih dahulu disini

Setelah registrasi kamu selesai, kamu bisa downloadnya disini

Ikuti petunjuk instalnya, lalu restart komputernya ya, maka nanti akan muncul tampilan seperti:

Selamat mencoba :)

Sumber: chem.pup

Metode Komputasi Molekul

       Metode komputasi molekul tidak selalu menggunakan teori ikatan kimia modern dan mekanika kuantum seperti dijelaskan sebelumnya. Komputasi molekul, dapat dipakai untuk penanganan molekul yang kompleks, bila memakai teori ikatan kimia modern dan mekanika kuantum. Selain itu, dikembangkan metode lain, yang tidak dilandasi oleh ikatan kimia modern dan mekanika kuantum. Misalnya, metode mekanika molekul, yang mengabaikan kehadiran elektron dalam molekul. Ikatan kimia tidak lagi diperhitungkan sebagai akibat interaksi elektron- elektron, melainkan disederhanakan dengan menggunakan prinsip-prinsip mekanika klasik (hukum-hukum fisika klasik).

Molekul dianggap tersusun atas atom-atom yang berinteraksi satu sama lain melalui model interaksi yang sesuai dengan hukum-hukum mekanika klasik (hukum-

hukum fisika klasik).

Jadi metode komputasi molekul secara sistematis dapat digolongkan dalam berbagai

pendekatan berikut:

• ·  Metode mekanika molekul: metode ini menggunakan dasar hukum-hukum fisika klasik sebagai perhitungannya.
• ·   Metode mekanika kuantum: metode ini menggunakan dasar hukum-hukum fisika kuantum sebagai perhitungannya.

 Sumber: Bayu Prianto

Mari Berkenalan Dengan Kimia Komputasi :)

Sejak lahirnya penemuan mekanika kuantum, dalam ilmu kimia berkembang bidang baru yaitu kimia komputasi. Kimia komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya. Kimia komputasi dapat pula melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (seperti gas, cairan, padatan, dan kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. 

Manfaat pemodelan kimia komputasi dapat membantu para kimiawan untuk :

(1)Mendesain awal proses reaksi sintesis.

(2)Mempelajari dan menjelajahi mekanisme reaksi.

(3)Melakukan simulasi reaksi dalam computer.

(4)Menentukan sifat-sifat dari molekul pereaksi maupun produk yang dihasilkan.

Kimia komputasi kini menjadi salah satu bidang dengan pertumbuhan tercepat dalam

kimia. Walaupun terdapat spesialis dalam bidang ini, penerapan teknik-tekniknya oleh kimiawan dalam percobaan semakin meningkat sejalan dengan berkembangnya kemampuan software.

Sumber: Bayu Prianto